细菌耐药的发生主要有如下几个机制：

1、细菌产生的酶对药物进行钝化或分解，如各型B-内酰胺酶对B-内酰胺类抗生素的水解和各种钝化酶对氨基糖苷类抗生素的钝化；

2、药物作用靶位点的改变，如青霉素结合蛋白的改变使B-内酰胺类抗生素不能与之结合，拓扑异构酶的改变使喹诺酮类不能抑制其活性；

3、药物在体内的积累减少，如细菌外膜孔蛋白的减少或突变，使药物不能进入菌体，以及细菌处排泵活性的增强对药物排出的增加；

4、细菌的代谢绕过抗生素的敏感阶段，如细菌通过摄取外源性胸腺嘧啶核苷或叶酸而耐磺胺类。

细菌耐药性的产生与抗生素的频率有关，特别是当作用于细菌的抗生素的浓度处于耐药突变选择窗时，最易导致细菌耐药。